非居民企業轉讓境內股權要繳所得稅
企業所得稅法及其實施條例規定，非居民企業有來源于中國境內的所得，需要按照我國稅法規定繳納企業所得稅。來源于中國境內所得，包括銷售貨物所得、提供勞務所得、轉讓財產所得、股息紅利等權益性投資所得、利息所得、租金所得、特許權使用費所得、接受捐贈所得和其他所得。其中的轉讓財產所得在境內、境外劃分上規定，不動產轉讓所得按照不動產所在地確定，動產轉讓所得按照轉讓動產的企業或者機構、場所所在地確定，權益性投資資產轉讓所得按照被投資企業所在地確定。因此，非居民企業來源于中國境內被投資企業的股權所得，應按規定繳納企業所得稅。
轉讓所得適用10%的稅率
企業所得稅法第四條第二項規定，非居民企業取得本法第三條第三項規定的所得（來源于中國境內的所得），適用稅率為20%。企業所得稅法實施條例第九十一條規定，非居民企業取得的企業所得稅法第三條第三項規定的所得，減按10%的稅率征收企業所得稅。
比如，國內某外商獨資企業股東由香港一家公司投資1000萬元設立，該香港公司2011年將該外資企業股權轉讓，取得轉讓收入2800萬元，股權轉讓所得為1800萬元，該項所得需要在我國按10%的稅率繳納企業所得稅180萬元。
轉讓股權不得扣除稅后留存收益
《國家稅務總局關于加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函〔2009〕698號）第三條規定，股權轉讓價是指股權轉讓人就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣性資產或者權益等形式的金額。如被投資企業有未能分配的利潤或稅后提存的各項基金等，股權轉讓人隨股權一并轉讓該股東留存收益權的金額，不得從股權轉讓價中扣除。股權成本價是指股權轉讓人投資入股時向中國居民企業實際交付的出資金額，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權轉讓金額。
如上例，國內某外商獨資企業由香港一家公司投資1000萬元設立。該香港公司2011年將該外資企業股權轉讓，取得轉讓收入2800萬元。至轉讓時，該外資企業有盈余公積未分配利潤等留存收益1500萬元。計算股權轉讓收入為2800萬元，股權成本為1000萬元，轉讓所得為1800萬元，該項所得需要在我國繳納企業所得稅180萬元。在這1800萬元的所得中，留存收益1500萬元不能視為股息、紅利所得，不能按5%的稅率（內地與香港稅收協定稅率）計算企業所得稅，另300萬元應視為股權轉讓所得，按10%的稅率計算企業所得稅。
按購買股權時的幣種計算轉讓所得
國稅函〔2009〕698號文件第四條規定，在計算股權轉讓所得時，以非居民企業向被轉讓股權的中國居民企業投資時或向原投資方購買該股權時的幣種計算股權轉讓價和股權轉讓成本價。如果同一非居民企業存在多次投資的，以首次投入資本時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價，以加權平均法計算股權成本價。多次投資時幣種不一致的，則應按照每次投入資本當日的匯率換算成首次投資時的幣種。
比如，國內某外商獨資企業為美國一家公司投資100萬美元約合人民幣800萬元設立。2012年1月1日，該美國公司將該外資企業股權全部轉讓，取得轉讓收入人民幣800萬元（當日美元與人民幣匯率為1∶6.4）。計算股權轉讓所得收入為125萬美元（800/6.4），成本為100萬美元，轉讓所得為25萬美元，約合人民幣160萬元（25×6.4），則應繳納企業所得稅為16萬元。
非居民企業間接轉讓股權也要納稅
上例中，如果該美國公司不直接投資中國的外資企業，而是通過先在香港（或其他國家、地區）設立一家控股公司A，再以A公司名義投資我國境內外資企業B，則美國公司實際通過A公司間接控制B。如果美國公司轉讓A企業的股權，則屬于間接轉讓B企業股權。
對于這種間接轉讓股權行為，國稅函〔2009〕698號文件第六條規定，境外投資方（實際控制方）通過濫用組織形式等安排間接轉讓中國居民企業股權，且不具有合理的商業目的，規避企業所得稅納稅義務的，主管稅務機關層報稅務總局審核后可以按照經濟實質對該股權轉讓交易重新定性，否定被用作稅收安排的境外控股公司的存在。也就是說，稅務機關可以按照經濟實質，判定實際是美國公司轉讓我國境內企業B公司股權，應按我國的稅法規定繳納企業所得稅。